Rim – katolik buthanasynyň bardygy baradaky ilkinji maglumatlar biziň eýýamymyzyň IV asyryna degişli bolup, kitaphanaçynyň wezipesi barada ilkinji gezek VIII asyrda ýatlanyp geçilýär. XIII asyryň birinji ýarymynda näbelli sebäplere görä, kitaphananyň gaznasynyň ep-esli bölegi ýitirilýär.
Kitaphana Awinonda Rim papasy Ioann XXII (1316-1334) tagallalary bilen täzeden dikeldilýär. Awinon häzirki zaman Fransiýasynda ýerleşip, 1309-1378-nji ýyllarda ol ýerde katolik buthanasynyň baştutanynyň rezidensiýasy ýerleşipdir.
Häzirki zaman Watikan kitaphanasy papa Nikolaý V (1447-1455) tarapyndan esaslandyrylýar. Onuň döwründe kitaphananyň gaznasy 1200 golýazmadan ybarat bolupdyr. Papa Pawel V (1605-1621) döwründe kitaphanadan resminamalaryň arhiwi bölünip aýrylyp, gizlinlikde saklanylýar. 1715-1716-njy ýyllarda Siriýa we Müsüre amala aşyrylan syýahatlaryň netijesinde, kitaphana üçin ýüzlerçe gadymy golýazmalar getirilipdir. 1891-nji ýylda kitaphana Awinondan Watikana göçürilýär.
Häzirki wagtda kitaphananyň gaznasynda 1,6 milliondan gowrak kitap, 180 müň golýazma, 8 müň 300 sany ýygma harplar bilen çap edilip çykarylan ilkinji kitaplar, 300 müň şaýy pul we medal, 150 müň sany dürli haşamlanan suratlar we kartalar saklanylýar. IV asyryň ortalaryna degişli elýazma görnüşli Injil kitaphananyň iň gymmatly nusgalaryň biri bolup durýar.